La formation graduée de l'ENSB est centrée autour d'un Ingeniorat en Biotechnologie qui se déroule sur cinq années, dont deux années de cycle préparatoire (Prrépa intégrée). Ce cursus sert de support à plusieurs Masters optionnels, organisés parallèlement. Dans cette configuration, la formation est bi-diplomante (Ingeniorat + Master). Des cycles de formation continue sont spécifiquement et ponctuellement organisés au profit des personnels du secteur industriel concerné.